人工呼吸ドメインでどちらのPEEP/FiO2対応表を用いるかは前もって決定し、そのことも含めて倫理委員会の承認を得る必要がありますでしょうか？

はい、参加施設には、症例開始登録前に、二つの介入（プロトコル）の内の一つを選択して、上記の「参加施設登録フォーム（Spiral Database Form）」に記入して提出していただきます。
倫理審査にあたっては、事務局の作成した書類（二つの介入の内、いずれを採用するかは明記していない）を提出していただくのが最も簡単と思いますが、もし倫理委員会から要求されたような場合には、研究計画書への追記といったかたちで、貴院で採用する介入を明記していただく方法もあると考えます。