抗菌薬ドメインでセフトリ+アジスロマイシンに割り付けられてる人の尿から腸球菌(E.fecalis)が検出されました。上記抗菌薬の組み合わせではカバーしていないため、抗菌薬の変更を考えています。たとえばABPC/SBTに変更するとプロトコル逸脱になりますか？

尿培養に基づいて抗菌薬を変更しても、逸脱には相当しません。血液培養でも、その他の検体の培養結果であっても、検出された菌が呼吸器感染と別の感染と考えていたとしても、やはり同様です。
プロトコル上の根拠としては、Antimicrobial DSA 8.3.4 Duration of administration of antibiotics で、「Change to a targeted antibiotic therapy if a microbiological diagnosis has been made」に該当する場合には、”empiric antibiotics” つまり治療割付に基づく抗菌薬投与は、終了して良いと明記されています。